Chiesa
VIALE DEI CROCIATI 

Le origini
Il primitivo tempio sorse per volere di GUGLIELMO I re di Sicilia nell'ampio cortile antistante l'Ospedaletto, in sostituzione della primitiva cappella. La posa della prima pietra del nuovo tempio, su una sola navata sormontata da 2 cupole identiche, fu benedetta dal Vescovo di Ruvo URSO. Una di queste due cupole è tuttora sovrastante l'abside dell'attuale chiesa. L'arrivo dei Frati Minori portò alla costruzione del convento e della nuova chiesa neoclassica, interrotta dalla soppressione degli ordini religiosi nel 1866. Nel 1700 fu aggiunta una nuova cupola dietro l'altare maggiore, ove attualmente è posto l'ottocentesco coro in masso di noce.

Il periodo Paleocristiano
La meravigliosa storia del Santuario di S. Maria dei Martiri di Molfetta, che abbraccia quasi un millennio e mezzo, rispecchia notizie vere o presunte pervenuteci da coloro che nei secoli hanno portato il loro contributo ed è una pagina complessa di indagini archeologiche, paleografiche, storiche ed artistiche.
Infatti la Chiesa, prima di essere il più antico sacrario cristiano della nostra città, vide intorno a sè gli elementi di una cultura che aveva rapporti vitali con la civiltà neolitica del Pulo e con la civiltà romana. Nel medioevo, poi, si sviluppò la vita benedettina attorno a complessi tardo antichi preesistenti. Una serie di ritrovamenti ha portato subito a dimostrare l'esistenza e l'importanza di un primo sacello che ben si connette con gli esemplari del periodo paleocristiano. Una chiesa rupestre del VII-VIII secolo era qui presente, e nell'XI secolo su questa si costrui' la chiesa pre-romanica accanto all'ospedale che ancor oggi si è soliti impropriamente chiamare "dei Crociati".
Nell'ottica della ricerca storica, la prima analisi del monumento è affidata all'interpretazione della produzione architettonica che permette di individuare un periodo che va probabilmente dal VII al XII secolo. Intorno al VII secolo in questo territorio deve essere stata costruita una piccola chiesa (paleocristiana) di cui si vedono con chiarezza le immorsature inglobate in una Chiesetta posteriore del periodo pre- romanico. Si può constatare che la Chiesetta paleocristiana fu "immorsata" nel suo lato fra ponente e settentrione da un altro edificio posteriore. Indagini accurate e attente considerazioni riescono a stabilire che l'edificio posteriore era a pianta rettangolare, mentre il precedente sembra piuttosto di pianta circolare, vero e proprio organismo di tradizione e ascendenza romana e tardo-antica forse destinata ad accogliere sarcofagi (ciò ha numerosi precedenti in Oriente e in Occidente). La denominazione liturgica del primo organismo sarà stata probabilmente quella di un generico complesso devozionale dedicato a S.Maria; mentre la denominazione del secondo avrà avuto relazioni con festività cristiane volute da Bonifacio IV (608-615), e che poi sarà ripreso nella dedicazione della Chiesa dell' XI secolo ed infine ricordato esplicitamente nella pergamena del 1286.

Il periodo romanico
L'unica denominazione che possa indicare la sacralità di questo luogo è la "ecclesia Sancte Marie "di una pergamena del 1143 che potrebbe indicare la prima dedicazione di una Chiesetta a S.Maria e la cui esistenza è comprovata da un altro documento citato dal Samarelli.
Allo stato attuale degli studi, non possiamo stabilire con precisione la fisionomia distributiva ed architettonica della Chiesa, e poco significativi si sono dimostrati gli scavi del 1987 su tutta l'area di ponente, a riguardo di fondazioni precedenti. Una tradizione locale vuole che l'impianto compositivo sia della seconda metà del XII secolo (1162), quando cioè il Vescovo di Ruvo Ursone (1162-1163) avrebbe consacrato la prima pietra della Chiesa romanica di S.Maria per volere di Guglielmo I, re di Sicilia. L'aspetto planimetrico-strutturale della Chiesa della fine XI secolo ed inizio del XII, l'area della costruzione, il campanile, l'orientamento e le dimensioni, le cappelle che vi erano inserite oltre gli spazi funzionali, sono rintracciabili seguendo un manoscritto della Visita parrocchiale di Mons. Pompeo Sarnelli oggi proprietà dell'Archivio di S.Maria.
Il primitivo tempio era formato da una sola navata sormontata da due cupole gemelle. Oggi di queste due cupole rimane solo una, cioè dove si trova l'abside dell'attuale chiesa. Il manoscritto ci permette di studiare l'aspetto planimetrico strutturale della Chiesa inopinatamente distrutta nel XIX secolo per costruire quella che oggi vediamo. Esso permette di localizzare una torre forse preesistente alla Chiesa romanica, che ebbe probabilmente funzione di difesa oltre che esplorativa e che fu adibita anche ad uso liturgico. E' narrata anche l'esistenza di un piccolo giardino con una fontana che oggi è stata ricoperta, senza che si possa più localizzarla, dalle piastrelle della Pineta. Le funzioni del complesso dovettero essere fin dall'inizio molteplici: dimora degli ecclesiastici inservienti, residenza vescovile estiva o alternativa, foresteria per personaggi di rango, ricetto per i devoti della Vergine e xenodochio per forestieri e pellegrini.
Salvo aggiunte di scarso rilievo, di poco cambiò la fisionomia e la destinazione della Chiesa fino al secolo XIII, anche se la presenza del quadro bizantino della Vergine favorisse il pellegrinaggio specie per la presenza di Crociati diretti in Terra Santa. Dai manoscritti si vede che l'altare della Vergine era in mezzo alla Chiesa, e ciò dimostra la preesistenza della Cappella della Vergine al muro perimetrale della Chiesa del XII secolo. Nel periodo rinascimentale, ad opera del Vescovo Nicola Maiorano, fu fondata la Confraternita della Vergine del Rosario e si provvide alla costruzione dell'Altare del Rosario e relativo arredo sacro. Di fronte all'altare del Rosario c'era l'Altare dell'Annunziata con relativa Cappella ornata dalla famiglia dei Maiorano, che fu distrutto nel XIX secolo. Alla Chiesa romanica appartiene la piccola acquasantiera, l'Altare della Risurrezione e l'Altare del Soccorso.

Il periodo Neoclassico
Con il Vescovo Filippo del Giudice Caracciolo prima, e con la venuta dei Padri Riformati dopo, si desiderò costruire un nuovo edificio, un grandioso tempio, con la prospettata demolizione dell'antico, demolizione giustificata dalle aspirazioni dell'accresciuta popolazione molfettese e dell'aumentata devozione verso la Regina dei Martiri. L'ingegnere della Chiesa nonchè del Convento fu l'economo del vescovo Can. Vitantonio Mezzina. Successivamente l'ing. Matteo De Candia esegui' un progetto di ampliamento della Chiesa stessa. La chiesa neoclassica ha tre navate, l'Altare Maggiore col quadro della Vergine , il Coro, due cappelle laterali, quella del Rosario e del Santo Sepolcro e cinque altari secondari.

Il Novecento
1951 - Con Bolla pontificia del papa Pio XII del 3 giugno la Madonna dei Martiri viene dichiarata compatrona della città e della diocesi di Molfetta. Per l'occasione, il 1° luglio l'Icona Bizantina della Madonna venne solennemente incoronata in cattedrale dal cardinale Federico Tedeschini.
1955 - Adiacente all'atrio dei pellegrini, il Guardiano P. Costantino Nacci, fa edificare una grande sala (sala San Francesco) per accogliere i giovani della città di Molfetta che fanno riferimento al Santuario.
1959 - Il 1° giugno S.E. Mons. Achille Salvucci firma la Bolla di erezione della nuova parrocchia di Maria SS. dei Martiri, sita nella chiesa omonima. 1985 - L'Altare e la chiesa vengono solennemente consacrati da Mons. Bello il 23 giugno.
1987 - Con bolla del 7 aprile il Santuario viene elevato al grado di BASILICA PONTIFICIA MINORE, la cerimonia di elevazione si svolge il 7 giugno, vigilia di Pentecoste, alla presenza del Card. Agostino Mayer e del Vescovo Mons. Tonino Bello.

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